Screening dell’esoma e trapianto renale | Nell’ottica di...

Avere una diagnosi genetica accurata è un elemento fondamentale per l’inquadramento clinico dei pazienti e per una gestione medica corretta.
La diagnosi genetica è critica per i pazienti che sviluppano insufficienza d’organo e necessitano di conseguenza di un trapianto perché permette non solo una migliore gestione del ricevente, ma ha rilevanza anche nella scelta del donatore.
Gli approcci di sequenziamento di nuova generazione sono strumenti chiave che, adottati in una fase precoce del percorso diagnostico, possono abbreviare i tempi di diagnosi, ridurre o evitare altri esami di laboratorio, con conseguente impatto sui costi sanitari, aiutare nell’esclusione di potenziali donatori, specie nel caso di trapianto da vivente in cui il donatore è un familiare.
Due elementi sono essenziali nell’ottica di includere nella routine diagnostica i test genetici basati sul sequenziamento del DNA: una selezione ponderata e multidisciplinare dei pazienti da valutare al fine di garantire elevati tassi diagnostici e un’analisi dei costi/benefici per ottimizzare le risorse, specie in sistemi sanitari nazionali pubblici come quello italiano.

Clinical exome sequencing is a powerful tool in the diagnostic flow of monogenic kidney diseases: an Italian experience

Vaisitti T, Sorbini M, Callegari M, et al. J Nephrol. 2021;34(5):1767-1781.

Riassunto
Una percentuale non trascurabile di pazienti che sono in lista d'attesa per il trapianto di rene è non-diagnosticata, ossia non ha una diagnosi di malattia, e alcuni di loro potrebbero essere affetti da una malattia monogenica, quindi facilmente identificabile attraverso un test genetico. Un approccio multidisciplinare che coinvolge i genetisti e i nefrologi e che si basa su un’attenta valutazione del fenotipo clinico, è fondamentale per l’identificazione di quei pazienti che potrebbero beneficiare di un test genetico precoce. L’esperienza della regione Piemonte si basa sull’applicazione dell’esoma clinico, che comprende i geni malattia noti, e sull’analisi di quelli direttamente coinvolti in patologie renali. Questo approccio di selezione dei pazienti e analisi mirata ha permesso di ottenere un tasso diagnostico relativamente alto (56.5%) sia nella coorte pediatrica che in quella adulta, con un po’ di eterogeneità nelle diverse categorie di malattia, in linea con i dati di altre coorti. Un altro aspetto importante che emerge da questo studio è la gestione centralizzata del processo diagnostico con un flusso che dai centri ospedalieri distribuiti sul territorio regionale arriva ad un unico centro di analisi dei campioni: questa gestione permette di avere le competenze necessarie per completare l’iter diagnostico, riducendo i tempi di refertazione e contenendo i costi.

Commento
I risultati di questo studio evidenziano che l’applicazione del sequenziamento dell’esoma su popolazioni di pazienti selezionati sulla base di criteri fenotipici e clinici permette di ottenere un elevato tasso diagnostico, evitando in molti casi indagini invasive per il paziente (es. le biopsie tissutali).
Un punto su cui riflettere è la scelta dell’approccio metodologico: in questo studio è stato adottato un sistema di sequenziamento del “solo” esoma clinico, basato su circa 7000 geni, che offre dei vantaggi in termini di quantità di dati da analizzare e tempi di refertazione. Tuttavia, il numero di geni associati a malattie monogeniche è in continua crescita, per cui questo tipo di test presenta delle limitazioni nella possibilità di ri-analizzare i dati di sequenziamento a distanza di tempo sulla base di nuove evidenze scientifiche, in particolare per quei casi per i quali la prima analisi genetica è risultata negativa. Alcuni geni malattia potrebbero infatti non essere valutabili perché non compresi nel sequenziamento iniziale.
Questi limiti sarebbero superati se il test genetico si basasse sull’analisi dell’intero esoma. La prospettiva di impiegare questi test nel flusso diagnostico passa anche attraverso un’analisi costo/beneficio delle diverse metodologie e della loro potenzialità diagnostica nel tempo.

A Clinical Workflow for Cost-Saving High-Rate Diagnosis of Genetic Kidney Diseases

Becherucci F, Landini S, Palazzo V, et al. J Am Soc Nephrol. 2023;34(4):706-720.

Riassunto
Il costo della analisi di sequenziamento e l’interpretazione dei risultati rappresentano ancora un limite nella loro applicazione nella routine diagnostica, nonostante i numerosi vantaggi. Questo studio dimostra che è possibile implementare il flusso di lavoro per ottenere una buona resa diagnostica riducendo al tempo stesso i costi. I pilastri su cui si basa sono:

• la definizione di chiari criteri di inclusione dei pazienti (es. storia familiare positiva, coinvolgimento extra-renale, evidenze di cisti o di iper-ecogenicità)
• l’aumento dell’accuratezza del risultato del test genetico, attraverso una valutazione multidisciplinare delle varianti identificate, classificate e interpretate sulla base dei dati fenotipici 
• l’identificazione delle categorie di malattie renali per le quali è più economicamente vantaggioso fare il test genetico, basato sul sequenziamento dell’esoma, già nelle fasi precoci del percorso diagnostico.

L’impiego di questi criteri ha permesso di ottenere una diagnosi genetica nel 67% dei pazienti, sia adulti che pediatrici. Il dato interessante che emerge da questo studio è che, nella pratica clinica, l’applicazione precoce di un test genetico basato sul sequenziamento del DNA può portare ad una significativa riduzione dei “costi di diagnosi” (20-44%).

Commento
Questo studio italiano, svolto in Toscana, conferma che l’applicazione dei test genetici su popolazioni di pazienti rispondenti a precisi e ben definiti criteri di inclusione permette di ottenere un elevato tasso diagnostico. A questo risultato concorre anche una gestione binomiale “periferia-centro di riferimento” che intercetta i pazienti sul territorio regionale e li riferisce ad un unico centro specializzato. Inoltre, l’impiego di sistemi di analisi dell’esoma consente di ridurre i tempi di diagnosi e i costi complessivi del processo diagnostico, un aspetto fondamentale per i sistemi sanitari nazionali. Questi risultati aprono la discussione alla definizione, unitaria e condivisa sul territorio nazionale, di criteri e linee guida da adottare al fine di usare correttamente i sistemi di sequenziamento di nuova generazione nella pratica clinica quotidiana per le malattie genetiche che determinano insufficienza d’organo e richiedono il trapianto.